住宅ローン控除を年末調整でやる方法（2年目以降）｜証明書方式と調書方式

結論（3行）

住宅ローン控除は 1年目だけ確定申告。2年目以降は 年末調整 でできる
やり方は2つ。証明書方式（銀行の証明書を勤務先に提出）と 調書方式（銀行が税務署に直接報告）
必要な書類は、1年目の確定申告のあとに税務署からまとめて送られてきている（なくさないように）

住宅ローン控除は、マイホームを買った1年目だけ確定申告が必要な制度です。2年目以降は 年末調整で申告できるので、会社員であれば確定申告をしなくてよくなります。

ただし、やり方が2種類あります。証明書方式と調書方式です。

2つの方式
2年目以降に必要な書類
1. 証明書方式の場合
2. 調書方式の場合
控除が受けられなくなる年がある
年の途中で家を離れた場合
まとめ
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よくある質問

2つの方式

証明書方式と調書方式の違い

証明書方式 — 金融機関から届く「年末残高等証明書」を、あなたが勤務先に提出する方式
調書方式 — 金融機関が税務署に直接「年末残高等調書」を提出し、国税当局からあなたに

年末残高の情報が提供される方式。この場合、金融機関からの証明書の交付はありません

どちらの方式かは、住宅ローンを借りている金融機関によって決まります。自分がどちらか分からない場合は、金融機関からの案内か、勤務先・税務署に確認してください。

2年目以降に必要な書類

証明書方式の場合

勤務先に提出する2つの書類

その年分の「証明書兼申告書」（正式名称：年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書及び

給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書兼住宅借入金等特別控除計算明細書）

金融機関から交付される「年末残高等証明書」

①の証明書兼申告書は、1年目の確定申告をした後、税務署から残りの適用期間分がまとめて送られてきています。 複数年分が1冊になっていることが多いので、なくさないように保管してください。紛失した場合は、確定申告をした税務署に相談すれば再発行してもらえます。

②の年末残高等証明書は、毎年11月下旬頃に金融機関から送られてきます。年末調整に間に合うよう、届いたらすぐに勤務先へ提出してください。借入先が複数ある場合は、すべての証明書が必要です。

調書方式の場合

金融機関から証明書は届きません。令和8年分以降は、金融機関から交付される「住宅ローン返済計画表」などをもとに、年末残高を証明書兼申告書に自分で記載します。

電子的に書類を受け取りたい場合

証明書兼申告書を紙ではなく電子データで受け取りたい場合は、税務署に「年末調整のための（特定増改築等）住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請書」を提出することで対応できます。

控除が受けられなくなる年がある

次のいずれかに当てはまる年分は、その年だけ住宅ローン控除の適用を受けられません。

適用を受けられない年

合計所得金額の見積額が2,000万円を超える年分（床面積40㎡以上50㎡未満の特例居住用家屋などの

場合は、1,000万円を超える年分）

対象の家屋を居住の用に供しなくなった年以後の年分（災害による場合などを除く）

所得が一時的に上がって2,000万円を超えた年は控除を受けられませんが、翌年以降2,000万円以下に戻れば、残りの適用期間について再び控除を受けられます。適用がなくなるわけではありません。

年の途中で家を離れた場合

転勤などのやむを得ない事情で、対象の家に住まなくなることがあります。

再び住むようになったら

転勤命令などやむを得ない事情で一時的に居住しなくなった家に、後日再び住むようになった場合、適用期間内であれば控除を再開できます。ただし、住まなくなる前に一定の手続きが必要です。詳しくは国税庁のホームページ、または税務署にご確認ください。

災害で対象の家屋が被害を受けた場合も、居住できなくなった年以後の残りの期間について控除を受けられる特例があります。

まとめ

住宅ローン控除は1年目だけ確定申告。2年目以降は年末調整でできる
証明書方式（銀行の証明書を提出）と調書方式（銀行が税務署に直接報告）の2種類がある
必要書類は1年目の確定申告後にまとめて税務署から届いている。紛失時は税務署で再発行
合計所得金額が2,000万円を超えた年は適用不可。ただし翌年以降に戻れば再開する

出典

本記事は2026年9月6日時点で公表されている内容に基づいています。個別の手続きは、お勤め先の給与担当者または所轄の税務署にご確認ください。

よくある質問

住宅ローン控除は毎年確定申告しないといけませんか？

1年目だけです。2年目以降は年末調整で申告できるので、会社員であれば確定申告は不要になります。

証明書兼申告書を紛失しました。再発行できますか？

税務署に相談すれば再発行してもらえます。1年目の確定申告をした税務署に問い合わせてください。

年の途中で借り換えをしました。年末調整に影響はありますか？

借り換え後も要件を満たせば引き続き控除を受けられますが、証明書の内容が変わるため、借り換え先の金融機関から新しい年末残高等証明書を受け取り、税務署への確認が必要になる場合があります。最寄りの税務署にご相談ください。

年収が上がって合計所得金額が2,000万円を超えたらどうなりますか？

その年分は住宅ローン控除の適用を受けられません。ただし翌年以降、合計所得金額が2,000万円以下に戻れば、残りの適用期間について再び控除を受けられます。