先に結論
- マイナポータル連携は、年調ソフトなどで申告書を作る途中に使う。保険料・iDeCo・住宅ローン控除などの控除証明書のデータをまとめて取り込み、控除額まで自動で計算する仕組み
- 申告書と証明書をデータのまま出せるのは、勤務先がデータでの提出に対応している場合だけ。紙の会社でも年調ソフトで作って印刷はできるが、データの証明書はQRコード付きの証明書に作り直して添える
- 初めての年はマイナンバーカード、マイナポータルの登録、民間送達サービスの開設、保険会社ごとの連携設定が要る。データが届くまで数日かかることがある
- データで届かない証明書は、手入力して書面の証明書を添える。データと書面が混ざってもよい
- 住宅ローン控除の証明書をデータで受け取るには、令和8年9月24日以後はe-Taxで電子交付に一括で同意する。目安は交付を受けたい年分の10月末まで
自分の場合は、ここから読む
- 勤務先が紙で受け付けている／会社の対応が分からない → 使えるかどうかは、勤務先で決まる
- 自分の保険が連携に対応しているか知りたい → マイナポータル連携で取り込めるもの
- 初めて使う → 最初の年だけ要る準備
- 年調ソフトでの手順を見たい → 年調ソフトでの取り込みの流れ
- ハガキで届いた証明書が混ざっている → データで届かない証明書があるとき
- 住宅ローン控除の証明書をデータで受け取りたい → 住宅ローン控除の証明書
- パソコン版を使っている → 来年からは、スマートフォン版だけになる予定
10月になると、保険会社から控除証明書のハガキが何通も届きます。 年末調整の時期には、その数字を申告書に写して、上限を見ながら控除額を計算します。
国税庁は、この作業をデータで済ませる仕組みを用意しています。 無料の「年末調整控除申告書作成用ソフトウェア」（以下、年調ソフト）と、マイナポータル連携です。
ただ、調べ始めると「会社が対応していないと使えないのか」「紙で出す会社ではどうするのか」で迷います。 ここでは、国税庁のFAQ（令和8年10月改訂版）と案内で確かめた範囲で、使える条件と出し方を整理します。
使えるかどうかは、勤務先で決まる
ここがいちばん誤解されやすいところです。 控除証明書をデータで取り込むことと、勤務先にデータで出すことは、別の話です。
国税庁のFAQ（問1-4）は、勤務先の対応に応じた形を、従来の手書きを含めて5つに分けています。 従業員の側から見ると、次の4つの形になります。
勤務先の受け付け方 × 証明書の受け取り方で決まる、作り方と出すもの
- 1紙で受け付ける会社 × 証明書はハガキ手書き、または年調ソフトで作って印刷。出すのは、印刷した申告書＋ハガキ
- 2紙で受け付ける会社 × 証明書はデータ年調ソフトで作って印刷（自動入力）。出すのは、印刷した申告書＋QRコード付きの控除証明書
- 3データで受け付ける会社 × 証明書はハガキ年調ソフトで作る（手入力）。出すのは、申告書のデータ＋ハガキ
- 4データで受け付ける会社 × 証明書はデータ年調ソフトで作る（自動入力）。出すのは、申告書と証明書のデータ
国税庁「年末調整手続の電子化及び年調ソフト等に関するよくある質問」問1-4の表を、従業員の作業に絞って作成
年末調整の書類をデータで出せる仕組みは、平成30年度の税制改正で整えられました。 ただ、勤務先がデータを受け取って計算するには、給与システムの対応が要ります。
そのため国税庁は、データで出したい人はいつからデータで出せるかを勤務先に確かめるよう案内しています（問1-7）。
電子化は義務ではありません。FAQは次のように書いています。
必ずしもデータにより提供しなければならないわけではありません（年末調整関係書類を従前どおり書面で提出しても差し支えありません。）。
（国税庁「年末調整手続の電子化及び年調ソフト等に関するよくある質問」問1-8）
紙で出す会社で、データの証明書をそのまま印刷しても添付にならない
控除証明書をデータで出せるのは、申告書もデータで出せる場合に限られます（問3-15）。 申告書を紙で出すなら、データで受け取った証明書は、e-Taxの「QRコード付証明書等作成システム」で作り直します。
QRコード付きの控除証明書にして印刷し、勤務先に出すか見せます。 このシステムはパソコンで使う前提で、スマートフォンは推奨環境外です。事前準備のセットアップも要ります。
会社が紙のままなら、年調ソフトを使っても意味がないの？
控除額の計算を任せられるので、意味はあります。保険が何本もあって、新旧の区分や上限の計算で手が止まる人ほど楽になります。
ただ、紙の会社で証明書をデータで受け取ると、QRコード付きにする手間がひとつ増えます。勤務先の出し方を先に聞いてから、受け取り方を決めると迷いません。
マイナポータル連携で取り込めるもの
国税庁の説明では、マイナポータル連携は、マイナポータル経由で控除証明書などのデータを一括で取得する機能です。 取得したデータは、申告書の該当欄へ自動で入力されます。 年調ソフトを使うと、取り込んだ内容から控除額も自動で計算されます。
取り込めるのは、証明書を出す側（発行主体）が連携に対応しているものだけです。 年末調整で使う主なものを、国税庁の一覧から並べます。
| 控除証明書 | 出すところ | 連携の状況（国税庁の一覧） |
|---|---|---|
| 生命保険料・地震保険料の控除証明書 | 保険会社・共済 | 多くの会社が対応。会社ごとに確かめる |
| 国民年金保険料の控除証明書 | 日本年金機構 | 対応済み |
| 国民年金基金の掛金の控除証明書 | 各国民年金基金 | 対応済み |
| 小規模企業共済等掛金の払込証明書（iDeCo・小規模企業共済） | 国民年金基金連合会・中小企業基盤整備機構 | 対応済み |
| 住宅ローン控除の証明書（税務署が出すもの） | 税務署 | データでの交付を希望した人に限り取り込める |
| 住宅ローンの年末残高等証明書（証明書方式） | 金融機関 | 一覧に載っているのは住宅金融支援機構の1件 |
（国税庁「マイナポータル連携可能な控除証明書等発行主体一覧」令和8年2月時点の掲載から作成）
保険会社の対応は進んでいます。 国税庁の一覧では、令和7年10月時点で、電子の控除証明書を出している生命保険会社は全41社のうち36社です。 地震保険を扱う損害保険会社では、全19社のうち14社です。
契約件数で見ると、生命保険料控除の対象契約の約98.5%（令和7年10月）が電子の証明書に対応しています。 地震保険料控除の対象契約では約96.6%（令和7年3月末）です。
自分の保険会社が対応しているかは、国税庁の発行主体一覧で会社名から確かめられます。 勤務先を通じて入っている団体扱いの保険は、データで出るかどうかが保険会社や勤務先の扱いによって違います。勤務先の担当者に確かめてください。
マイナポータルを使わずに、データを受け取る方法もある
保険会社の「お客様ページ」などから、控除証明書のデータを1社ずつダウンロードできる場合があります。 この方法ならマイナンバーカードは要りません。
ダウンロードしたファイルを年調ソフトに取り込めば、控除額は同じように自動で計算されます。 どの方法で取っても、証明書のデータの中身は同じです（国税庁FAQ 問3-8）。
最初の年だけ要る準備
マイナポータル連携を使うには、次の準備が要ります。 国税庁のFAQ（Q4）と「電子化の進め方（従業員編）」をもとにまとめました。 登録の手続きは、翌年以降は要りません。
準備するもの・すること
- ☐ マイナンバーカード（スマートフォンのマイナンバーカードも使える）
- ☐ 読み取りの機器：マイナンバーカードを読めるスマートフォン、またはICカードリーダライタ。パソコン版の年調ソフトで連携するなら、ICカードリーダライタが要る
- ☐ マイナポータルの利用者登録
- ☐ 民間送達サービスの開設：マイナポータルからつなぐ、民間の「電子の郵便受け」。保険会社ごとに使うサービスが決まっているので、発行主体一覧の「民間送達サービス」欄を見て選ぶ
- ☐ 保険会社などとの連携設定：保険会社のサイトで証券番号などを入れ、マイナンバーカードを読み取る。これで、証明書が民間送達サービスに届くようになる
- ☐ 生命保険の証券番号、住宅ローンの契約番号などを手元に用意する
国民年金保険料の証明書のように、民間送達サービスではなく別の連携先を使うものもあります。 国税庁の事前準備の案内では、証明書の種類に応じて、マイナポータルとe-Tax・民間送達サービス・ねんきんネットをつなぎます。
保険会社との連携を済ませても、すぐに取り込めるとは限りません。 データが民間送達サービスに届いて取り込めるようになるまで、数日かかることがあります（保険会社によって違います）。 勤務先の締切の直前に始めると間に合わないことがあるので、証明書が届き始める秋のうちに済ませておくと安心です。
家族名義の保険の証明書を取り込むとき
生計を一にする配偶者などが契約者の保険料も、要件を満たせば自分の控除に入れられます。 その証明書をマイナポータル連携で取るには、家族のマイナンバーカードも必要です。 家族がマイナポータルにログインして、自分を「代理人」に設定しておきます。
取り込むときは、家族の分と自分の分で、連携を2回に分けて行います（国税庁FAQ Q11）。 家族名義の証明書をどの欄に書くかは、控除証明書が何通も届いた｜生命保険料控除の3つの欄と12万円の上限で扱っています。
マイナポータル連携で使うのはマイナンバーカードの電子証明書で、マイナンバーそのものを使うわけではない、と国税庁は説明しています（Q10）。
年調ソフトでの取り込みの流れ
年調ソフトは、国税庁が無料で出しているソフトです。 令和8年分の正式版は、令和8年10月1日に公開されました。
スマートフォン版（Android・iPhone）は各アプリストアで「年末調整 国税庁」と検索して入手します。パソコン版は、各ストアから入手できない場合に国税庁のサイトから入手できます。
勤務先によっては、年調ソフトではなく民間の年末調整用のソフトや、社内の仕組みを使います。 どのソフトを使うかは、まず勤務先に確かめてください。 民間のソフトは手順が違います。
国税庁のFAQ（Q9）で示されている、年調ソフトでの流れは次のとおりです。 画面の名前や順番は、ソフトの版や端末で変わることがあります。
- 年調ソフトを起動し、氏名・住所などを入れる
- 証明書の電子データを取り込む画面で、マイナポータルから取得する方を選ぶ
- マイナンバーカードの4桁の暗証番号を入れ、カードを読み取らせる
- 表示された一覧から、必要な証明書を選んで取得する
- 画面に出る4桁の「取得用コード」を、年調ソフトに入れる
- 取得したデータを取り込むと、申告書に自動で入力される
取得用コードを入れ間違えるとデータを取得できないので、その場合は最初からやり直します。 前の年に勤務先に出したデータを取り込めば、住所・氏名・扶養親族などは引き継げます（FAQ 問5-23）。
作った申告書をどう出すかも、勤務先の指示に従います。 FAQ（問5-14）では、メールなどでの送信、USBメモリ、社内の共有領域への保存などの方法が挙げられています。 メールやUSBメモリで出すときは、データに電子署名を付けるか、パスワードを設定します。
申告書の各欄にどんな数字が入るのかを確かめたいときは、保険料控除申告書の記入例｜令和8年分・証明書の数字をどの欄に写すかが使えます。 自動で入った数字の検算にも役立ちます。
データで届かない証明書があるとき
全部の証明書がデータで届くとは限りません。 国税庁のFAQで、よくある場面の扱いが示されています。
| 場面 | 扱い |
|---|---|
| 保険会社が電子交付に対応していない | 書面の証明書の内容を手入力して申告書を作る。その書面の証明書は勤務先に出すか見せる（問3-11） |
| 生命保険はデータ、iDeCoの払込証明書は書面で届いた | 申告書はデータで出せる。データの分はデータで、書面の分は別に書面で出す（問3-13） |
| 書面の証明書をスキャンしてデータにした | データの原本にはならない。書面の証明書を出す（問3-14） |
| 年払いの保険で、届いたのが「支払予定額のお知らせ」だけ | お知らせは電子化の対象外。その金額を手入力する（問3-16） |
スキャンしたデータが原本にならない理由は、法令上の「データの証明書」の範囲にあります。 発行者の電子署名と電子証明書が付いたものに限られるからです（問3-14）。 「令和8年分 年末調整のしかた」も、データで出す証明書を、保険会社などの電子署名と電子証明書が付いたものとしています。
データと紙が混ざると、かえってややこしくならない？
手間はそれほど増えません。データで届いた分は自動で入り、紙の分だけ数字を打ち込みます。打ち込んだ紙の証明書を、申告書と一緒に出すことだけ忘れないようにします。
住宅ローン控除の証明書は「データで受け取る」手続きが要る
住宅ローン控除は、1年目は確定申告、2年目からは年末調整で受けられます。 2年目以降に勤務先へ出すのは、税務署から届く証明書と申告書（証明書兼申告書）です。証明書方式の人は、金融機関の年末残高等証明書も出します。
書面で届く証明書と申告書は、次のような書類です。
届く時期や方式の違いは、住宅ローン控除の年末調整（2年目以降）｜必要書類と届く時期【令和8年分】で詳しく扱っています。 ここでは、データで取り込むための条件だけを書きます。
住宅ローン控除の証明書をデータで使う条件
- 家に住み始めた年が平成31年（令和元年）以後であること。平成30年以前なら、証明書と年末残高等証明書はデータでは出せず、書面で出す（FAQ 問1-10）
- 税務署の証明書を、データで交付してもらう手続きをしていること
- 証明書方式の年末残高等証明書は、金融機関がマイナポータル連携に対応しているかで決まる
税務署の証明書をデータで受け取る手続きは、令和8年9月24日から変わりました。 いまはe-Tax上で、電子交付に一括で同意する手続きをして、e-Taxでの交付を希望します。
国税庁は、この手続きをおおよそ交付を受けたい年分の10月末までに済ませるよう案内しています。 令和8年分をデータで受け取りたいなら、2026年10月末頃までが目安です。
令和8年9月23日以前に、確定申告などで電子交付に同意していた人もいます。 その人は、その同意に基づいて電子交付が続きます（e-Tax「処分通知等の電子交付について」）。
データで交付された証明書は、毎年11月中旬頃にe-Taxのメッセージボックスに届き、マイナポータル連携で年調ソフトに取り込めます。 書面で交付を選んだ調書方式の人は、3年目以降の証明書に年末残高が載りません。その場合の扱いも、上の記事に書いています。
証明書方式の年末残高等証明書は、多くが書面のまま
国税庁の一覧（令和8年2月時点）には、証明書方式の年末残高等証明書をマイナポータル連携で出せる発行主体も載っています。 載っているのは、住宅金融支援機構の1件です。
それ以外の金融機関の証明書が書面で届いたら、内容を年調ソフトに手入力し、書面の証明書を勤務先に出します。 調書方式の人は、年末残高等証明書を出す必要はありません。
調書方式の人が年調ソフトで申告書を作るときは、入力画面で調書方式の項目にチェックを付けます。 これで、申告書に「調書方式に対応する金融機関からの借入れ」である旨が入った状態で出力されます（FAQ 問5-57）。
勤務先が電子の控除証明書を受け付けていない場合は、保険と同じく、QRコード付証明書等作成システムで書面にして出します。
来年からは、スマートフォン版だけになる予定
年調ソフトには、いまはパソコン版とスマートフォン版があります。 国税庁のFAQは、令和8年10月に次の答えを足しました。
令和９年度はスマートフォン版の年調ソフトのみの公開とすることを予定しております
（国税庁「年末調整手続の電子化及び年調ソフト等に関するよくある質問」問5-59）
理由は、パソコン版よりスマートフォン版の利用が増えていることなどとされています。 パソコン版で作った申告書のデータは、スマートフォン版に取り込んで引き継げます（問5-60）。 スマートフォンでマイナポータル連携や電子署名を使うには、マイナンバーカードの読み取りなどに対応した機種が要ります（問3-4）。
いまパソコン版で作っている人は、今年の提出用データを保存しておくと、来年の切り替えが楽になります。 勤務先が紙の会社で、QRコード付きの証明書を作る場合は、そのシステムはパソコンで使う前提なので、パソコンが不要になるわけではありません。
家を引き渡すときに、営業担当が伝えておけること
住宅ローン控除は、1年目の確定申告で選んだことが、2年目以降の年末調整の手間を決めます。 施主に伝えておくと、翌年秋の問い合わせが減るポイントは次の3つです。
- 1年目の確定申告をe-Taxで出すと、2年目以降の証明書をデータで受け取る道が開ける
- データで受け取るなら、e-Taxで電子交付の一括同意をしておく（交付を受けたい年分の10月末頃まで）
- ただし勤務先が紙の会社なら、データの証明書はQRコード付きにして出す必要がある
1年目の確定申告の流れは、住宅ローン控除1年目の確定申告｜必要書類と、つまずく所にあります。
まとめ
- マイナポータル連携は、控除証明書のデータをまとめて取り込み、申告書に自動で入れる仕組み。年調ソフトなら控除額も自動で計算される
- データのまま出せるのは、勤務先がデータでの提出に対応している場合だけ。電子化は義務ではなく、紙で出してもよい
- 紙で出す会社で、データで受け取った証明書を使うなら、QRコード付証明書等作成システム（パソコン）で書面にする
- 初めての年は、マイナンバーカード、マイナポータル、民間送達サービス、保険会社ごとの連携設定が要る。データが届くまで数日かかることがある
- データで届かない証明書は手入力し、書面の証明書を添える。スキャンしたものは原本にならない
- 住宅ローン控除の証明書を取り込めるのは、住み始めた年が令和元年以後の人。データ交付の手続き（令和8年9月24日以後はe-Taxでの一括同意）も要る
- 令和9年度は、年調ソフトはスマートフォン版だけの予定
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出典
- 国税庁「年末調整手続の電子化に向けた取組について」
- 国税庁「年末調整手続の電子化及び年調ソフト等に関するよくある質問（FAQ）」（令和8年10月改訂版）
- 国税庁「年末調整手続の電子化の概要・メリット」
- 国税庁「年末調整手続の電子化へ向けた準備」
- 国税庁「電子化の進め方（従業員編）」
- 国税庁「マイナポータルを活用した年末調整手続について（よくある質問）」
- 国税庁「マイナポータル連携特設ページ」
- 国税庁「マイナポータル連携可能な控除証明書等発行主体一覧」
- 国税庁「保険料に係る電子控除証明書の発行主体一覧」
- e-Tax「処分通知等の電子交付について」
- e-Tax「QRコード付証明書等作成システムについて」
- 国税庁 タックスアンサー No.1230 調書方式による住宅借入金等特別控除
- 国税庁「住宅取得資金に係る借入金等の年末残高等情報のマイナポータル連携に関するFAQ」（令和8年9月17日更新）
- 国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」
本記事は2026年10月17日時点で公表されている内容に基づいています。年調ソフトの画面や手順は版によって変わることがあります。どのソフトを使い、どう出すかはお勤め先の給与担当者に、個別の税の判断は所轄の税務署にご確認ください。年調ソフトの操作は、国税庁の年末調整手続の電子化及び年調ソフトヘルプデスク（0570-02-4563）でも案内しています。
よくある質問
年末調整のマイナポータル連携は、誰でも使えますか？
控除証明書をデータで取り込んで申告書を作ることは、マイナンバーカードと読み取りに対応したスマートフォンなどがあればできます。ただ、申告書と証明書をデータのまま出せるのは、勤務先がデータでの提出に対応している場合だけです。どのソフトを使い、どう出すかは勤務先に確かめます。
勤務先が紙での提出なら、マイナポータル連携は意味がありませんか？
年調ソフトで作った申告書は印刷して出せるので、控除額の自動計算は使えます。ただし、データで受け取った控除証明書はそのままでは紙の申告書に添えられません。e-Taxの「QRコード付証明書等作成システム」でQRコード付きの証明書を作って印刷し、申告書と一緒に出します。このシステムはパソコンで使う前提で、スマートフォンは推奨環境外です。
保険会社が電子交付に対応していません。どうすればいいですか？
書面の控除証明書の内容をソフトに手入力して申告書を作ります。その書面の証明書は、申告書と一緒に勤務先に出すか見せます。データの証明書と書面の証明書が混ざっていても、申告書はデータで出せます。書面の証明書をスキャンしたものは、データの原本として扱われません。
住宅ローン控除の証明書もマイナポータル連携で取り込めますか？
税務署が出す住宅ローン控除の証明書は、データでの交付を希望した人なら取り込めます。令和8年9月24日以後は、e-Taxで電子交付に一括で同意する手続きが要り、国税庁はおおよそ交付を受けたい年分の10月末までに済ませるよう案内しています。家に住み始めた年が平成30年以前なら、証明書はデータでは出せず書面で出します。
年調ソフトのパソコン版は来年も使えますか？
国税庁のFAQ（令和8年10月追加）では、令和9年度はスマートフォン版の年調ソフトだけを公開する予定とされています。パソコン版で作った申告書データは、スマートフォン版に取り込んで引き継げます。
