スマホで確定申告する手順｜マイナンバーカードでe-Tax、会社員の還付申告の流れ

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先に結論

会社員の還付申告（医療費控除・ふるさと納税・住宅ローン控除1年目）は、スマホとマイナンバーカードがあれば自宅から出せます。国税庁の確定申告書等作成コーナーで作り、そのままe-Taxで送ります
そろえるのは、マイナンバーカード、読み取りに対応したスマホ、マイナアプリ、カードのパスワード2つ（数字4桁と英数字6〜16文字）。スマホのマイナンバーカードを設定すれば、カードを毎回読み取らずに済みます
還付申告は2027年1月1日から出せます（令和8年分）。ただし、マイナポータル連携の医療費は例年2月9日から、住宅ローンの年末残高は2月9日〜12日に届きます。自動入力を使うなら2月中旬以降が目安です
送信のあとは、即時通知を保存し、メッセージボックスの受信通知にエラーがないかを見ます。控えのPDFと入力データ（.data）も残します
令和8年分の作成コーナーはまだ公開されていません（2026年10月17日時点）。画面の流れは、令和7年分の国税庁のガイドに基づいて書いています

スマホとマイナンバーカードで確定申告する6つの順番。期限とパスワードの確認から、即時通知の保存、控えと.dataの保存まで

確定申告をスマホで済ませる人が増えています。国税庁によると、令和7年分の確定申告では約408万人がマイナポータル連携を使いました。

ただ、つまずく場所は申告の中身より手前にあります。パスワードを覚えていない、電子証明書の期限が切れている、連携のデータがまだ届いていない。 この記事は、その手前の準備から送信後の確かめ方までを、順番に並べたものです。

申告が要るかどうかの判断は会社員の確定申告が必要な人・不要な人、控除ごとの中身はそれぞれの記事に任せます。ここではスマホで出すときの手順に絞ります。

この記事の時点

令和8年分（2027年2〜3月に申告する分）の確定申告書等作成コーナーは、2026年10月17日時点でまだ公開されていません。トップページは「令和7年分」の表示です
令和8年分について国税庁が公表しているのは、次の3つです。スマホのマイナンバーカードが使えること、給与情報のマイナポータル連携の対象が広がること、マイナアプリへの更新が要ること（国税庁「令和８年分の確定申告はスマホとマイナポータル連携でもっと便利に！」）
画面の流れ・推奨環境・スマホでできないことは、令和7年分の国税庁の資料で確かめた内容です。令和8年分の画面が出たら、国税庁の案内で確かめてください

スマホで出すのに要るもの
作り始める前にそろえる書類
いつから出せるか｜還付申告は1月1日から
スマホでの申告の流れ（令和7年分のガイドより）
会社員の還付申告｜控除ごとの違い
1. 医療費控除
2. 住宅ローン控除の1年目
スマホでは出せない・向かない例
送信したあとに確かめること
家を買ったお客さまに伝えておくこと
まとめ
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よくある質問

スマホで出すのに要るもの

国税庁は、e-Taxで送信するのに必要なものを3つ挙げています（令和7年分確定申告特集、令和8年8月のチラシ）。

要るもの	中身	気をつけること
マイナンバーカード読取対応のスマホ	マイナアプリ（旧マイナポータルアプリ）が入っていること	対応機種はマイナポータルの「よくあるご質問」で確かめる
マイナンバーカード	実物のカード、またはスマホのマイナンバーカード	カードと電子証明書の有効期限
パスワード2つ	①利用者証明用電子証明書（数字4桁）②署名用電子証明書（英数字6〜16文字）	①は3回、②は5回続けて間違えるとロック

推奨されているブラウザは、AndroidがChrome、iPhoneがSafariです。令和7年分のスマホ申告ご利用ガイドは、それ以外のブラウザを使わないよう注意書きを置いています。

パスワードは、2つを使う場面が違う

e-TaxのFAQによれば、2つのパスワードは使う場面が分かれています。

数字4桁（利用者証明用）… e-Taxにログインするとき
英数字6〜16文字（署名用）… 作った申告書のデータに電子署名をして送るとき

初めてマイナンバーカードでe-Taxを使うときは、もう1つの暗証番号も使います。氏名・住所などを読み取るための券面事項入力補助用の暗証番号（数字4桁）です（e-Tax FAQ）。

みぞれ

英数字のほう、カードを作ったときに決めたきりで覚えてない……

しぐれ

申告の当日に気づくと、そこで止まります。国税庁の特集は、パスワードが合っているかをJPKI利用者ソフトで先に確かめる方法を案内しています。ロックしたときは、スマホで予約してコンビニのキオスク端末で初期化・再設定する方法もあります（2つともロックした場合は市区町村の窓口）。

電子証明書の期限は、カードより短い

カードの有効期限と、カードに入っている電子証明書の有効期限は別です。

	有効期限
マイナンバーカード（発行時18歳以上）	発行から10回目の誕生日まで
電子証明書（年齢にかかわらず）	発行から5回目の誕生日まで

（国税庁令和7年分確定申告特集、令和8年分の案内）

期限が過ぎると、マイナンバーカードを使ったe-Taxはできません。国税庁は、カードも電子証明書も有効期限の3か月前から更新できると案内しています。申告の前に、カードの券面と電子証明書の期限を見ておきます。

スマホのマイナンバーカードを入れておくと、読み取りが要らない

マイナンバーカードの機能をスマホに入れる「スマートフォンのマイナンバーカード」を使うと、e-Taxのたびにカードをスマホにかざす必要がなくなります。国税庁の令和7年分の特集はこう書いています。

Android端末では、すでに利用可能となっていますが、令和８年１月からiPhoneにおいても、「iPhoneのマイナンバーカード」を利用することで、本人認証時の手間がかからず、よりスムーズに申告いただくことができます。

（国税庁令和7年分確定申告特集「スマホとマイナンバーカードでe-Tax！」）

数字4桁のパスワードの代わりに、スマホの顔認証や指紋認証を使えます（機種によって違います）。設定はマイナアプリから行います。

デジタル庁によれば、iPhoneで使えるのはiPhone XS以降で、iOS 18.5以上の端末です。スマホに追加するときは、実物のカード、券面事項入力補助用の暗証番号（数字4桁）、署名用のパスワードを使います。

実物のカードも手元に置く

デジタル庁は、実物のカードしか使えない場面に備えて、実物のマイナンバーカードも持つよう案内しています
カードと電子証明書を更新したときは、スマホのマイナンバーカードも設定し直しが要ります（デジタル庁）
デジタル庁によると、Android端末の「スマホ用電子証明書搭載サービス」は2026年10月20日から「Androidのマイナンバーカード」に変わりました。切り替えの方法はデジタル庁の案内で確かめ、申告の前にマイナアプリの表示を見てください
国税庁は、2026年8月25日に提供が始まったマイナアプリへ更新し、利用登録をしてから作成コーナーを使うよう案内しています

マイナンバーカードがない人は

マイナンバーカードを使わずにe-Taxで送る「ID・パスワード方式」は、新しく始められなくなりました。

令和７年10月１日から、国税庁ではIDとパスワードの新規発行を停止していますので、IDとパスワードをお持ちでない方は、ID・パスワード方式をご利用いただくことができません。

（e-Tax「e-Taxの「ID・パスワード方式」とは何かを知りたい」）

すでにIDとパスワードを持っている人は使い続けられます。ただし同じFAQは、令和9年分の確定申告からは使えなくなる予定としています。

カードを交付申請中で申告期限に間に合わない人について、国税庁は書面での提出（作成コーナーで作って印刷して出す方法）を案内しています。

作り始める前にそろえる書類

マイナポータル連携を使えば、証明書の多くはデータで取り込めます。使わない場合や、連携に対応していない発行元の分は、紙の証明書を見ながら入力します。

書類	使う申告	マイナポータル連携
給与所得の源泉徴収票	すべて	勤務先がオンラインで提出していれば対象。e-Taxのマイページで情報取得の希望の登録が要る
医療費の領収書・医療費通知	医療費控除	保険診療の医療費通知情報は、民間送達サービスとつなぐ準備をしなくても取得できる
寄附金の受領証明書（ふるさと納税）	寄附金控除	発行元が連携に対応していれば取得できる
年末残高の情報、契約書・登記の書類	住宅ローン控除1年目	調書方式の借入先なら、年末残高情報を取得できる
還付金を受け取る口座	還付申告	公金受取口座を登録していれば、口座の入力を省ける

（国税庁「マイナポータル連携」特設ページ、令和7年分スマホ申告ご利用ガイド（詳細版））

給与情報の連携は、令和8年分から対象が大きく広がります。 国税庁は、令和9年1月以降、より多くの人が給与情報のマイナポータル連携を使えるようになると案内しています。初めて使うときは事前準備が要ります。

マイナポータル連携の事前準備（マイナポータルとe-Tax・民間送達サービスをつなぐ手順）は、年末調整のマイナポータル連携で書いた準備とほぼ同じです。家族の医療費や証明書を取り込むには、マイナポータルで代理人の登録が要り、その登録には家族のマイナンバーカードも必要です（国税庁）。

源泉徴収票は、カメラでも読み込める

令和7年分のスマホ申告ご利用ガイド（詳細版）には、スマホのカメラで源泉徴収票を撮影して読み取る機能が載っています。読み取った内容は、必要に応じて手で直します。

いつから出せるか｜還付申告は1月1日から

申告の義務がない会社員が税金を取り戻す還付申告は、2月16日からの確定申告期間を待たなくても出せます。

還付申告書は、確定申告期間とは関係なく、その年の翌年1月1日から5年間提出することができます。

（国税庁タックスアンサー No.2030）

令和8年分なら、2027年1月1日からです。確定申告期間は2027年2月16日（火）から3月15日（月）までです（No.2020の「翌年2月16日から3月15日まで」を暦に当てはめた日付）。

ただ、早く出せばいいとは限りません。マイナポータル連携のデータが届く時期があるからです。

データ	取り込める時期（国税庁の案内）
医療費通知情報	例年、原則2月9日から1年分（作成コーナーのよくある質問・令和6年分）
住宅ローンの年末残高情報（調書方式）	居住を始めた年内に事前準備をすれば、2月9日〜12日の間にメッセージボックスへ（国税庁チラシ、令和8年9月）
ふるさと納税・保険料などの証明書	発行元によって違う

1月中に出すなら、これらは紙の証明書や領収書から手で入力します。どちらが楽かは、証明書の量で決めればよいことです。

e-Taxは、確定申告の時期はメンテナンスの時間を除いて土日祝日も24時間使えます（e-Tax「利用可能時間」）。

スマホでの申告の流れ（令和7年分のガイドより）

国税庁の「スマホ申告ご利用ガイド（簡易版）〜マイナンバーカードでe-Tax〜」（令和7年分）は、所得税の確定申告書を作る流れを11の段階で示しています。

作成開始 … ブラウザで作成コーナーを開き、「作成開始」をタップ。作る申告書（所得税）と年分を選び、提出方法の質問に答える
マイナンバーカードの読み取り … 「ログイン」をタップし、数字4桁を入れてカードをスマホにかざす。マイナポータル連携を使う人は、ここで連携の画面に進む
登録情報の確認 … 住所などを確かめ、変更があれば直す
申告する所得の選択 … 給与など、申告する所得を全部選ぶ
収入の入力 … 連携で取り込んだ分は自動で入る。取り込めなかった分を入力する
控除の入力 … 医療費控除・寄附金控除・住宅ローン控除などを選んで入力する
その他の情報の入力 … 計算結果の確認、還付金の受取口座、住民税に関する事項、マイナンバーを入れる
申告内容の確認 … 「申告書等を表示する」で送信前の申告書のイメージを見て、誤りがないか確かめる
送信 … 画面の案内に沿って送信する。送信の前に、もう一度カードの読み取りを求められることがある。データへの電子署名には英数字のパスワードを使う（e-Tax FAQ）
申告書の控え（PDF）の保存
入力データ（.data）の保存 … 来年以降の申告で読み込んで使える

（国税庁「スマホ申告ご利用ガイド（簡易版）」「同（詳細版）」令和7年分）

途中でやめるときは、画面下の「ここまでの入力内容を保存」などから入力データを保存でき、次はその続きから再開できます（e-Tax FAQ）。

入力で抜けやすい3つ

年末調整を受けた給与も入れる。 ガイドは、確定申告をする場合は年末調整を受けた給与所得も含めて申告が必要としています
ワンストップ特例を申請した寄附も入れる。 確定申告をすると、ワンストップ特例の分も含めて寄附金控除を申告します（理由はふるさと納税の確定申告のやり方）
証明書のXMLデータは、決まった画面で読み込む。 スマホで申告する場合は、すべてのXMLデータを連携のあとの読込画面で読み込み、その後の画面では読み込めません（詳細版ガイド）。年末調整で使った控除証明書を連携で取り込んだときは、二重に使わないよう注意します

給与が1か所だけで年末調整が済んでいて、使う控除が寄附金控除や医療費控除だけといった一定の条件に当たると、入力項目を減らした画面が出ます（詳細版ガイド）。

還付金の受取方法の画面では、公金受取口座を選べば金融機関の情報を入れずに済みます。ここで「電子交付」を選ぶと、還付金の振込通知などを書面の代わりにe-Taxで受け取れます（同）。

会社員の還付申告｜控除ごとの違い

流れは同じでも、控除によって「何を取り込み、何を手で入れるか」が違います。中身の説明は各記事に任せ、スマホで出すときの違いだけを並べます。

控除	スマホで出すときのポイント	詳しい記事
医療費控除	連携で医療費通知情報を取り込み、ドラッグストアの医薬品など入らない分は領収書から追加で入力する	医療費控除の確定申告
ふるさと納税	連携か証明書のデータで取り込む。対応していない寄附先の分は手で入力する。ワンストップ特例の分も入れる	ふるさと納税の確定申告のやり方
住宅ローン控除1年目	調書方式なら年末残高情報を連携で取り込む。紙で出す書類はPDFにして追加送信できる	住宅ローン控除1年目の確定申告

医療費控除

連携で取り込めるのは保険診療の医療費通知情報です。国税庁のガイドは、ドラッグストアで買った医薬品などがあるときは、医療費の領収書等の入力で追加するよう案内しています。追加すると、取り込んだ分と合わせた合計額が表示されます。

領収書が多い人向けの「医療費集計フォーム」は、スマホでは連携のあとの読込画面ではなく、医療費控除の入力画面で読み込みます（詳細版ガイド）。

住宅ローン控除の1年目

スマホ用のよくある質問にも住宅借入金等特別控除の項目があり、スマホで申告できます。調書方式の借入先なら、e-Taxのマイページで情報取得の希望を登録しておくと、メッセージボックスに年末残高情報が届きます。

つまずきやすいのは添付書類です。国税庁の住宅ローン控除の特集は、必要書類の提出が足りないケースが多いと注意しています。作成コーナーで作った申告書をe-Taxで出すと、控えと一緒に「申告書等送信票（兼送付書）」ができ、そこに出すべき書類が表示されます。「別途提出」欄に○の付いた書類だけを、郵送などで税務署に出します（詳細版ガイド）。

郵送の代わりに、書類をPDFにしてe-Taxで出すこともできます。令和7年分の作成コーナーの案内では、次のようになっていました。

申告書と同時には送れない。申告書を送ったあとに追加で送る（追加送信方式）
住宅ローン控除なら、登記事項証明書、請負（売買）契約書の写し、残高証明書（1年目のみ）、補助金等の額を証する書類などが対象
スマホのカメラで撮った写真をPDFにしてもよい。解像度200dpi相当以上、目で内容が読めること、パスワードを付けないこと
送れるのは10回まで
PDFで出した書類の原本は保存しなくてよい

（国税庁作成コーナーのよくある質問「所得税の添付書類のイメージデータによる提出について」令和7年分）

国税庁は、e-Taxで出した還付申告でも、書面による別送書類の提出がある場合は「3週間程度」の処理の対象外になるとしています（確定申告期に多いお問合せQ&A）。

しぐれ

スマホで撮った写真は、ぼやけていると内容が読めません。撮ったら一度拡大して、金額や日付が読めるかを見てから送ると安心です。

スマホでは出せない・向かない例

国税庁の資料で確かめられた範囲で並べます。

こんなとき	どうなるか	代わりの方法
スマホがマイナンバーカードの読み取りに対応していない	マイナンバーカード方式のe-Taxが使えない	対応スマホを借りるか、作成コーナーで作って印刷し書面で出す
マイナンバーカードを交付申請中	e-Taxで送れない	期限に間に合わないなら書面で出す（作成コーナーのよくある質問）
電子証明書の有効期限が切れた	e-Taxで送れない	市区町村で更新（手数料は無料）。間に合わなければ書面で出す（詳細版ガイド）
消費税・贈与税の申告を、期限のあとに直したい	更正の請求・修正申告はスマホ・タブレットからできない	パソコンを使う（詳細版ガイド、令和7年分）
推奨以外のブラウザで開いた	正常に動かないことがある	AndroidはChrome、iPhoneはSafariで開き直す

所得税の還付申告そのものを期限後に直す場合（更正の請求）は、スマホ用のよくある質問にも項目があります。ふるさと納税の書き忘れを直す手順はふるさと納税の確定申告のやり方、何年分かさかのぼる場合は還付申告は5年さかのぼれるにあります。

送信したあとに確かめること

即時通知と受信通知

「送信完了」と出たら、まず画面に出た通知を保存します。e-TaxのFAQは、正常に送れたかの確かめ方をこう書いています。

保存・印刷した「即時通知」や、メッセージボックスに格納された「受信通知」にエラー情報がないことが確認できれば、e-Taxから正常に送信できていることになります。

（e-Tax「e-Taxで申告書データが正常に送信できたかを確認したい」）

通知	いつ出るか	注意
即時通知	送信の直後、画面に表示される	あとで表示し直せない。その場で保存する
受信通知	e-Taxのメッセージボックスに届く	即時通知でエラーが出た場合は届かない

受信通知は、作成コーナーのトップのメニューにある「メッセージボックス確認」からログインして開きます。利用者識別番号でログインした場合は、受信通知の中身を開けません。 マイナンバーカード（またはスマホ用電子証明書）でログインします（詳細版ガイド）。

控えと入力データを残す

申告書の控え（PDF） … 保存し忘れても、受信通知から帳票を表示して保存し直せる（詳細版ガイド）
入力データ（.data） … 来年の申告で読み込めば、住所・勤務先・扶養親族・住宅ローン控除の情報などの入力を省ける。あとから取り直すことはできない（同）

iPhoneでは控えのPDFが表示されるので、共有から「ファイル」などに保存します。Androidは、表示されると自動でダウンロードフォルダに保存されます（簡易版ガイド）。

間違いに気づいたら

e-TaxのFAQによれば、申告期限内なら、直した申告書を作り直して期限までに送り直します。期限のあとなら、更正の請求か修正申告で直します。

しぐれ

送り直しはできますが、国税庁のガイドは、申告書を2回以上送ると還付が通常より遅くなる場合があると注意しています。送信の前の「申告内容等の確認」で申告書のイメージを最後まで見るほうが、結果として早く戻ります。

還付はいつ戻るか

国税庁は、自宅などからe-Taxで出した還付申告は3週間程度で処理しているとしています（確定申告期に多いお問合せQ&A）。ただし、同じ人が何回も申告した場合、書類に不備がある場合、書面で別に送る書類がある場合は、その対象から外れます。振り込まれないときの確かめ方は還付金はいつ戻る？にまとめています。

家を買ったお客さまに伝えておくこと

住宅ローン控除の1年目は、多くの施主にとって初めての確定申告です。引渡しの説明で、次の点を伝えておくと申告の手前で止まらずに済みます。

☐ マイナンバーカードの電子証明書の期限（発行から5回目の誕生日）を確かめておく
☐ カードのパスワード2つ（数字4桁・英数字6〜16文字）を思い出しておく
☐ 借入先が調書方式なら、入居した年のうちにe-Taxで情報取得の希望を登録する
☐ 契約書・登記の書類は、紙で送るかPDFで追加送信するかを決めておく
☐ 2年目からは年末調整で受けられる（住宅ローン控除の年末調整（2年目以降））

広告を含みます

申告は、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」の案内だけでもできます。手元に解説書や書類の置き場がほしい人向けです。

確定申告の解説書 広告毎年の改正に合わせて出し直されます。申告する年分に合った年版を選んでください。楽天ブックスで探す／ Yahoo!ショッピングで探す
領収書・証明書をまとめるファイル 広告医療費の領収書や控除証明書は、年分ごとに分けておくと、5年さかのぼる還付申告のときに探しやすくなります。楽天市場で探す／ Yahoo!ショッピングで探す

まとめ

スマホとマイナンバーカードがあれば、確定申告書等作成コーナーで作ってe-Taxで送れる。要るのは、読取対応のスマホ・マイナアプリ・カード・パスワード2つ
スマホのマイナンバーカードを設定すれば、カードの読み取りが要らない。iPhoneは令和8年1月から対応（国税庁の令和7年分の案内）。実物のカードも手元に置く
ID・パスワード方式は新規発行が止まり、令和9年分からは使えなくなる予定
還付申告は翌年1月1日から5年間。ただし医療費の連携は例年2月9日から、年末残高情報は2月9日〜12日
住宅ローン控除の書類は、送信票の「別途提出」欄に○があるものだけ。PDFでの追加送信もできる（令和7年分は10回まで）
送信後は、即時通知を保存し、受信通知にエラーがないかを見る。控えのPDFと.dataも残す
令和8年分の画面は2027年の公開後に、国税庁のスマホ申告ご利用ガイドで確かめる

出典

本記事は2026年10月17日時点で公表されている内容に基づいています（Androidのマイナンバーカードの提供開始は2026年10月31日に確かめました）。令和8年分の確定申告書等作成コーナーの画面・推奨環境・添付書類の扱いは、公開後に国税庁の案内で確かめてください。個別の判断は、税務署またはe-Tax・作成コーナーヘルプデスクにご確認ください。