株・投資信託の確定申告は要る？特定口座の源泉あり・なしと、損益通算・3年の繰越控除

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先に結論

源泉徴収ありの特定口座なら、株・投資信託の売却益と配当は原則として確定申告が要らない。売るたび・受け取るたびに20.315%（所得税等15.315%・住民税5%）が差し引かれて終わる
源泉徴収なしの口座（簡易申告口座・一般口座）の利益は、原則として申告が要る
申告すると得になりうる場面は3つ。別の証券会社の口座の損失と相殺する（損益通算）、損失を翌年以後3年間繰り越す（繰越控除）、配当を総合課税にして配当控除を使う
損失を繰り越すには、株を売らなかった年も含めて毎年申告を続ける。1年でも途切れると、残りの損失は使えない
令和6年度（令和5年分）から、住民税だけ申告不要にすることはできない。申告した利益は合計所得金額に入り、扶養の判定や国民健康保険料に響くことがある
NISA口座の損失は、損益通算にも繰越控除にも使えない

100万円の損失を2026年から3年繰り越す例。売買のない2027年も申告し、2028年に121,890円、2029年に81,260円が戻る

株や投資信託を特定口座で売買していると、「確定申告は要るのか」「損が出たら申告したほうがいいのか」で迷います。答えは、口座の種類と、損失があるかどうかで分かれます。

国税庁のタックスアンサーと、総務省・自治体の住民税の案内をもとに整理します。分けるのは、申告が要る場合・申告すると得になる場合・申告すると損になりうる場合の3つです。特定の証券会社や金融商品をすすめるものではありません。

会社員の確定申告全体（給与以外の所得20万円の判定、医療費控除など）は、会社員の確定申告が必要な人・不要な人にまとめています。

株・投資信託の税金は「申告分離課税」
口座の種類で、申告が要るかが決まる
配当の受け取り方は3つから選ぶ
申告すると得になる3つの場面
申告すると損になりうる場合
1. 住民税だけ申告不要にはできない
2. 合計所得金額が増える
NISA口座の損失は使えない
申告の期限と出し方
客先でこの話が出たときの注意
まとめ
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よくある質問

株・投資信託の税金は「申告分離課税」

株式や公募投資信託を売って出た利益は、給与などとは別に税金を計算します。これを申告分離課税といいます（国税庁No.1463）。

項目	内容
利益の計算	売った金額 −（買った金額＋手数料など）
税率	20%（所得税15%、住民税5%）。所得税には復興特別所得税が上乗せされ、合計で20.315%
区分	「上場株式等」と「一般株式等」（非上場株式など）は別々に計算する

上場株式等には、上場している株式のほか、ETF・J-REIT・公募投資信託・国債・地方債・公募の社債などが入ります（No.1463）。この記事でいう「株・投資信託」は、この上場株式等のことです。

2027年からの所得税の内訳の変化

令和9年（2027年）1月1日以後に生じる所得から、復興特別所得税の率が1.1%に下がり、防衛特別所得税（所得税額の1%）が加わります。国税庁は、合計税率に変更はなく、源泉徴収税額の計算方法も変わらないと案内しています（No.1331）。

株の損失は、給与や不動産所得などほかの所得とは相殺できません（No.1465）。相殺できるのは、上場株式等どうしの利益と、上場株式等の配当（申告分離課税を選んだもの）だけです。

口座の種類で、申告が要るかが決まる

証券会社の口座は、大きく3つです。特定口座は、1つの証券会社につき1口座だけ開けます（No.1476）。

口座	利益の計算	税金の払い方	確定申告
特定口座（源泉徴収あり）	証券会社が計算	売るたびに20.315%を差し引く	原則不要（申告することもできる）
特定口座（源泉徴収なし）＝簡易申告口座	証券会社が計算し、年間取引報告書を出す	自分で申告して納める	原則必要
一般口座	自分で計算	自分で申告して納める	原則必要
NISA口座	―	非課税	不要（損失も使えない）

源泉徴収ありの特定口座の利益は、口座ごとに「申告する」か「申告しない」かを選べます（No.1476）。 2つの証券会社に源泉徴収ありの口座があるなら、片方だけ申告することもできます。

源泉徴収あり・なしは、年の初めに決まる

源泉徴収ありにするには、その年の最初の売却までに証券会社へ届け出ます。年の途中で源泉徴収なしに変えることはできません（No.1476）。

源泉徴収なしの口座の利益は、原則として確定申告が要ります。ただし会社員は、給与以外の所得の合計が20万円以下なら、所得税の確定申告は要りません（No.1900）。この場合も住民税の申告は別に要ります。くわしくは会社員の確定申告が必要な人・不要な人を見てください。

源泉徴収ありの特定口座で、申告しないことを選んだ利益は、この20万円の判定にも入りません（No.1900）。

みぞれ

源泉徴収ありの口座なら、何もしなくていいってこと？

しぐれ

税金の計算は終わっています。でも、損失が出た年や、口座が2つ以上ある年は、申告したほうが税金が戻ることがあります。そこを見落とす人が多いところです。

配当の受け取り方は3つから選ぶ

上場株式や投資信託の配当（分配金）にも、20.315%（所得税等15.315%・住民税5%）が差し引かれます（No.1330）。大口株主（発行済株式の3%以上を持つ人など）を除けば、上場株式等の配当は次の3つから選べます（No.1330・No.1331）。

	申告しない（申告不要）	総合課税で申告	申告分離課税で申告
税率	20.315%（差し引かれて終わり）	給与などと合計して累進税率	20.315%
配当控除	なし	あり	なし
株の譲渡損失との損益通算	できない	できない	できる
扶養控除などの判定（合計所得金額）	含まれない	含まれる	含まれる

（国税庁No.1331の表から作成）

申告するときは、申告する配当の全部について、総合課税か申告分離課税のどちらかにそろえます。一部を総合課税、残りを申告分離課税にはできません（No.1330・No.1331）。

配当控除は、総合課税にした国内株式の配当などから税額を差し引く仕組みです。課税総所得金額等が1,000万円以下なら、所得税は株式の配当の10%、証券投資信託の分配金の5%です（No.1250）。 外国法人の配当、J-REITなど投資法人の配当は対象外です（No.1250）。

一度選んだ方法は、あとから変えられない

国税庁は次のように書いています。

申告不要、申告分離課税、総合課税のいずれによるかは確定申告において選択し、確定申告において選択した、または、選択しなかった方法は、その後、修正申告や更正の請求において変更することはできません。

（国税庁タックスアンサーNo.1331）

「とりあえず申告して、あとで外す」「申告し忘れた配当を、あとで足す」はできません。出す前に、下の「申告すると損になりうる場合」まで確かめてください。

申告すると得になる3つの場面

2つ以上の口座で、利益と損失がある（損益通算）

源泉徴収は口座ごとに計算されます。A証券で利益、B証券で損失が出ても、A証券の利益にかかった税金はそのままです。相殺するには確定申告が要ります（No.1476の注）。

計算例（当方計算）

	A証券（源泉徴収あり）	B証券（源泉徴収あり）
年間の損益	50万円の利益	30万円の損失
差し引かれた税金	所得税等 76,575円、住民税 25,000円	なし

申告して相殺すると、利益は差し引き20万円です。本来の税金は所得税等30,630円・住民税10,000円になります。

所得税等：76,575円 − 30,630円＝ 45,945円が還付
住民税：25,000円 − 10,000円＝ 15,000円分は、翌年度の住民税の計算で差し引かれる

住民税の5%分は、住民税の計算で「株式等譲渡所得割額控除」として差し引かれます。申告しなければこの控除は使えず、還付を受けられたはずの人が受けられなくなると、練馬区は案内しています。

同じ口座の中なら、自動で相殺される

同じ源泉徴収ありの口座の中では、利益と損失は証券会社が通算して税金を計算します。さらに、その口座で配当を受け取る届出を出していれば、口座内の譲渡損失と配当も自動で通算されます（No.1476）。申告が要るのは、口座をまたいで相殺したいときと、年をまたいで繰り越したいときです。

口座の損失を申告するなら、その口座の配当も申告する

源泉徴収ありの口座で出た譲渡損失を申告する場合、その口座で受け取った配当も申告不要にはできず、あわせて申告します（No.1476）。

損失が残った（3年の繰越控除）

その年の利益や配当と相殺しても損失が残ることがあります。残った損失は翌年以後3年間、上場株式等の利益と配当（申告分離課税を選んだもの）から差し引けます（No.1474）。

使うための条件は、毎年の申告です（No.1474）。

損失が出た年分の確定申告書に、付表（上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除用）と計算明細書を付けて出す
その後の年も、連続して付表を付けた確定申告書を出す
株を売らなかった年も、申告を続ける

国税庁は次のように書いています。

上場株式等の譲渡がなかった年も、譲渡損失を翌年へ繰り越すための申告が必要です。

（国税庁タックスアンサーNo.1474）

計算例（当方計算）：2026年に源泉徴収ありの口座で100万円の損失。ほかの口座はなし。

年	その年の損益	申告	結果
2026年	100万円の損失	申告する	100万円を繰り越す
2027年	売買なし	申告する（ここを飛ばすと損失が消える）	100万円を繰り越す
2028年	60万円の利益（121,890円差し引かれ済み）	申告して60万円分を使う	121,890円（所得税等91,890円、住民税30,000円分）が戻る。残り40万円
2029年	50万円の利益（101,575円差し引かれ済み）	申告して残り40万円を使う	課税は10万円分（20,315円）だけになり、81,260円が戻る。繰越はこの年で終わり

繰越控除を使わなかった場合と比べると、2028年と2029年で合わせて203,150円の差になります。 2027年の申告を忘れると、2028年以降に使える損失はなくなります。

みぞれ

売っていない年まで申告するのは、忘れそう……。

しぐれ

損失が出た年に、3年後までの申告の予定をカレンダーに入れておくと忘れません。会社員なら、医療費控除やふるさと納税の申告と同じ申告書でまとめて出せます。

配当を総合課税にすると税金が減る

課税される所得が低めの人は、配当を総合課税にして配当控除を使うと、差し引かれた20.315%より税金が少なくなることがあります。

計算例（当方計算）：国内上場株式の配当10万円。配当を除いた課税所得250万円（所得税率10%の段階）。

	申告しない	総合課税で申告
所得税等	15,315円（差し引かれて終わり）	10%で10,000円 − 配当控除10,000円＝ 0円
住民税	5,000円	10%で10,000円 − 配当控除2,800円＝ 7,200円
合計	20,315円	7,200円

税金だけを見ると、13,115円少なくなります。住民税の配当控除2.8%は、課税総所得金額1,000万円以下の場合の率です（総務省個人住民税検討会資料）。

課税所得が500万円（所得税率20%の段階）だと、総合課税の税金は合計17,410円で、差は2,905円まで縮みます。税率が高い人ほど、総合課税にする意味は薄くなります。ただし、この例でも次の節の影響を入れると結果が変わります。

申告すると損になりうる場合

住民税だけ申告不要にはできない

以前は、所得税は申告して、住民税は申告不要にする、といった使い分けができました。 令和6年度（令和5年分）の住民税から、この使い分けはできなくなりました。横浜市は次のように案内しています。

上場株式等の配当所得等および譲渡所得等について、所得税と個人住民税でそれぞれ異なる課税方式を選択することが可能とされていましたが、令和６年度課税分から、所得税において選択した課税方式が個人住民税にも適用されることとなり、所得税と個人住民税で課税方式が一致することとなりました。

（横浜市「令和6年度の税制改正」）

国税庁のパンフレット（令和6年2月）も、令和4年度税制改正でこう変わったと書いています。総務省の資料では、施行は令和6年1月1日です。つまり所得税で申告した利益は、住民税でも所得に入ります。

合計所得金額が増える

申告した譲渡益や配当は、合計所得金額に入ります。合計所得金額は、配偶者控除・扶養控除の判定などに使う金額です（No.1331）。

影響が出うるもの	何が起きるか
配偶者控除・扶養控除	扶養されている人の合計所得金額が62万円（令和8年分）を超えると、扶養する側の控除が外れる（No.1180・No.1191）
国民健康保険料	確定申告した譲渡益・配当は、保険料の所得割の計算に入る（川崎市）
住民税の非課税の判定	申告した所得を含めて判定される（練馬区）

さらに注意したいのが、繰越控除との関係です。合計所得金額は、上場株式等の譲渡損失の繰越控除を使う前の金額です（国税庁専門用語集）。先の繰越控除の例で、2028年は税金がゼロになっても、合計所得金額には60万円が入ります。

配当の総合課税の例では、税金は13,115円減りました。国民健康保険に入っている人で、保険料の所得割の率を仮に10%とすると、保険料が1万円増え、差は3,115円まで縮みます。所得割の率は市区町村で違うので、加入している国保の率で計算してください。

申告する前に確かめること

家族の扶養に入っていないか（配偶者控除・扶養控除の判定）
国民健康保険に入っていないか（保険料の所得割）
住民税が非課税になっていないか
一度申告に含めた・含めなかった方法は、あとで変えられない

しぐれ

扶養に入っている配偶者や学生の子どもが、還付のつもりで申告して扶養から外れる、という順番の間違いがいちばん痛いところです。戻る税金と、増える負担を並べてから決めてください。

年金を受け取っている人の配当の申告と国保料の関係は、年金受給者の確定申告不要制度でも触れています。

NISA口座の損失は使えない

NISA口座の売却益と配当は非課税です。その裏返しで、NISA口座で売って出た損失は「ないもの」とみなされます（No.1535）。

特定口座や一般口座の利益と相殺できない（損益通算できない）
翌年以後に繰り越せない（繰越控除できない）

NISAの仕組みや、頭金との比べ方は頭金とNISA、どちらにお金を回すかに書いています。

NISAの配当は受け取り方に注意

NISA口座で非課税になる配当は、証券会社を通じて受け取るもの（株式数比例配分方式）に限られます。発行会社から直接受け取る配当は課税されます（No.1535）。

申告の期限と出し方

項目	内容
申告期間	原則として翌年2月16日から3月15日まで（No.2020）
還付だけの申告	翌年1月1日から5年間出せる（No.2030）
使う書類	証券会社の「特定口座年間取引報告書」。損失を繰り越すなら付表と計算明細書

損失を繰り越す申告は、損失が出た年の分から毎年続けるのが条件です。還付申告は5年間出せますが、繰越の申告は毎年の期限内に出してください。

国税庁の確定申告書等作成コーナーでは、金額を入れると付表や明細書も作られます（No.1474）。スマホとマイナンバーカードで出す手順は、スマホで確定申告する手順にまとめています。

客先でこの話が出たときの注意

住宅会社の営業担当の方が、お客様から「株の損が出たけど、何かした方がいい？」と聞かれたときに押さえておくことです。

話す前に

源泉徴収ありの特定口座なら、申告しなくても税金の計算は終わっている。申告は「得になる人が選ぶもの」
損失を繰り越すなら、売らなかった年も毎年の申告が要る
申告すると合計所得金額が増え、扶養や国民健康保険料に響くことがある
住宅ローン控除の1年目の確定申告と、同じ申告書で出せる
個別の判断は税務署か税理士に。特定の証券会社や商品の話はしない

住宅ローン控除の1年目の申告は、住宅ローン控除1年目の確定申告にあります。

広告を含みます

申告は、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」の案内だけでもできます。手元に解説書や書類の置き場がほしい人向けです。

確定申告の解説書 広告毎年の改正に合わせて出し直されます。申告する年分に合った年版を選んでください。楽天ブックスで探す／ Yahoo!ショッピングで探す
領収書・証明書をまとめるファイル 広告医療費の領収書や控除証明書は、年分ごとに分けておくと、5年さかのぼる還付申告のときに探しやすくなります。楽天市場で探す／ Yahoo!ショッピングで探す

まとめ

株・投資信託の売却益は申告分離課税で、税率20.315%。株の損失は給与など他の所得とは相殺できない
源泉徴収ありの特定口座なら原則申告不要。口座ごとに申告するかどうかを選べる
申告すると得になるのは、口座をまたいだ損益通算、3年の繰越控除、配当の総合課税（配当控除）
繰越控除は、売買のない年も含めて毎年続けて申告する
令和6年度からは住民税だけ申告不要にはできない。申告した利益は合計所得金額に入り、繰越控除で税金がゼロでも合計所得金額には入る
NISA口座の損失は、損益通算にも繰越控除にも使えない

出典

本記事は2026年10月17日時点で公表されている制度の説明と、当サイトの計算例です。計算例の税額は概算で、国民健康保険料の率は仮定です。特定の金融機関・金融商品をすすめるものではなく、投資の判断はご自身で行ってください。個別の申告の判断は、所轄の税務署にご確認ください。住民税・国民健康保険料は、お住まいの市区町村にご確認ください。