住民税の申告で医療費控除を受ける方法｜所得税が0円の人の手順

住民税の申告で医療費控除を受ける方法｜所得税が0円の人の手順のイメージ税金と控除

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先に結論

  • 源泉徴収税額が0円の人は、確定申告をしても所得税は戻りません。それでも住民税の所得割がかかっていれば、医療費控除で翌年度の住民税が下がります
  • 給与や公的年金だけの人は、確定申告をしなくても、市区町村への「住民税の申告」で医療費控除を受けられます（地方税法第317条の2第3項）。期限は3月15日、提出先は1月1日に住んでいた市区町村です
  • 添付するのは医療費控除の明細書です。領収書の束では受け付けない市もあります（横浜市）
  • 所得税の確定申告をした人は、住民税の申告は不要です（同法第317条の3）
  • 減る額の目安は医療費控除の額×10%。ただし、もともとの所得割より多くは減りません
  • 医療費控除で住民税非課税になることはありません。国民健康保険料は下がらない市があります。保育料など所得割で決まる負担は変わることがあります
年金190万円・65歳以上・単身の人の住民税の所得割。医療費控除なしで22,500円、医療費15万円で11,500円、医療費40万円で0円

「年金から所得税が引かれていないので、医療費控除は関係ない」。そう考えて領収書を捨ててしまう人がいます。

所得税と住民税は、かかり始める所得の線が違います。所得税は0円でも、住民税はかかっている人は少なくありません。その人にとって、医療費控除は住民税を下げる控除です。手続きも、税務署ではなく市区町村で済みます。

この記事は、令和8年（2026年）中に払った医療費で、令和9年度の住民税を下げる場合を例に書きます。医療費控除の対象になるものは医療費控除の対象になるもの・ならないもの完全リストに、明細書の欄ごとの書き方は医療費控除の確定申告にあります。

  1. 所得税は0円なのに、住民税はかかる理由
    1. 基礎控除の大きさが違う
    2. 年金の人は、源泉徴収の線も上がった
  2. 住民税の申告で、医療費控除を受けられる
    1. 地方税法の定め
    2. 医療費控除の計算は、所得税と同じ
  3. 確定申告と住民税の申告、どちらを出すか
    1. 確定申告をした人は、住民税の申告は不要
    2. 分かれ目は、源泉徴収税額があるかどうか
    3. 家族の医療費は、払った人の申告に入れる
  4. 住民税の申告の手順
    1. 出すもの
    2. 領収書は5年とっておく
    3. 出し方は、窓口・郵送・電子
    4. 期限は3月15日。過ぎてもすぐあきらめない
    5. ふるさと納税のワンストップ特例は無効になる
  5. 住民税はいくら減るか
    1. 目安は「医療費控除の額×10%」
    2. 計算例（例として置いた数字）
    3. もともとの所得割より多くは減らない
  6. 非課税の線と、ほかの負担への影響
    1. 医療費控除で、住民税非課税にはならない
    2. 国民健康保険料は、下がらない市がある
    3. 所得割の額で決まる負担は、変わることがある
  7. 客先でこの話をするときの注意
  8. まとめ
  9. 関連記事
  10. よくある質問
    1. 所得税が0円でも、医療費控除を申告する意味はありますか？
    2. 確定申告をしないで、住民税だけで医療費控除を受けられますか？
    3. 確定申告をした人も、住民税の申告書を出すのですか？
    4. 医療費控除で、住民税非課税になりますか？
    5. 住民税の申告で医療費控除をすると、国民健康保険料も下がりますか？

所得税は0円なのに、住民税はかかる理由

基礎控除の大きさが違う

所得税も住民税も、所得から控除を引いた残りに税率を掛けます。違いの1つが基礎控除の額です。

基礎控除（合計所得金額が一定以下の人）出どころ
所得税（令和8年分）104万円（489万円以下。本則62万円＋特例42万円）財務省「令和８年度税制改正の大綱」
住民税43万円（2,400万円以下）地方税法第314条の2第2項

差は61万円あります。所得から社会保険料などを引いた残りがこの間にある人は、所得税は0円で、住民税だけがかかります。

所得税の基礎控除は、令和7年分と令和8年分で続けて上がりました。住民税の基礎控除は43万円のままです。所得税だけが0円になる所得の幅は、この2年で広がりました。

年金の人は、源泉徴収の線も上がった

公的年金から所得税が源泉徴収されるのは、令和8年分は65歳以上で年金額205万円以上、65歳未満で155万円以上の人です。この線は日本年金機構の案内によるもので、年金受給者の確定申告不要制度に表があります。年金がこれより少ない人は、所得税が引かれていません。

それでも、住民税の所得割がかかっている人はいます。毎年1月の「公的年金等の源泉徴収票」の源泉徴収税額が0円かどうかと、6月ごろの住民税の通知に所得割の額があるかどうか。この2つを並べて見ると、自分が当てはまるかが分かります。

みぞれ
みぞれ

所得税が戻らないなら、医療費控除の申告はしなくていいと思ってた。

しぐれ
しぐれ

所得税と住民税は別の税です。所得税の還付がないことと、住民税が下がらないことは同じではありません。 住民税の通知に所得割の額があれば、確かめる価値があります。

住民税の申告で、医療費控除を受けられる

地方税法の定め

給与や公的年金だけの人は、ふだん住民税の申告をしません。勤務先や年金の支払者が、市区町村へ支払報告書を出しているからです。ただ、その報告書には医療費控除が入っていません。

地方税法第317条の2第3項は、給与・公的年金等の所得だけの人について、こう定めています。

雑損控除額若しくは医療費控除額の控除、（略）を受けようとする場合には、三月十五日までに、総務省令で定めるところにより、これらの控除に関する事項を記載した申告書を、賦課期日現在における住所所在地の市町村長に提出しなければならない。

「賦課期日」は1月1日です。令和8年中の医療費なら、2027年3月15日（月）までに、2027年1月1日に住んでいた市区町村へ住民税の申告書を出します。年の途中で引っ越した人は、医療費を払ったときの市区町村ではありません。

市の案内も同じです。名古屋市は、年金だけの人でも、源泉徴収票に載っていない医療費控除などを受けたい人は市民税・県民税の申告書が必要だとしています。東京都北区は、住民税が課税される人は医療費控除などを含めて住民税の申告をすると、住民税が減額される場合があるとしています。

医療費控除の計算は、所得税と同じ

住民税の医療費控除も、計算の仕方は所得税と同じです（地方税法第314条の2第1項第2号）。

医療費控除額 ＝ 実際に支払った医療費の合計
              − 保険金などで補てんされる金額
              − 足切り額（10万円。総所得金額等が200万円未満の人は、総所得金額等の5%）
（上限200万円）

年金が主な収入の人は、総所得金額等が200万円未満になりやすく、足切りが10万円より小さくなります。総所得金額等が80万円の人なら、足切りは4万円です。

セルフメディケーション税制との選択も、住民税の申告でできます。どちらが得かの比べ方はセルフメディケーション税制と医療費控除、どっちが得？にあります。

確定申告と住民税の申告、どちらを出すか

確定申告をした人は、住民税の申告は不要

所得税の確定申告書を出すと、その日に住民税の申告書を出したものとみなされます（地方税法第317条の3）。横浜市のよくある質問も、医療費控除のために確定申告書を出した人は、市民税・県民税申告書を出す必要はないとしています。両方を出す必要はありません。

分かれ目は、源泉徴収税額があるかどうか

源泉徴収票の「源泉徴収税額」出すもの何が下がるか
0円より多い所得税の確定申告（還付申告）所得税が戻り、住民税も下がる
0円で、住民税の所得割がかかっている住民税の申告（市区町村）住民税が下がる
0円で、住民税の所得割もかかっていない医療費控除のための申告は不要変わらない

源泉徴収税額がある人は、確定申告をすれば1回で両方に反映されます。還付申告は翌年1月1日から5年間出せます（国税庁No.2030）。手順は医療費控除の確定申告にあります。

いちばん下の行の根拠は横浜市の案内です。

市民税・県民税（所得割）が課税されていない場合は、税額を減額することできず控除の効果がないため医療費控除の申告は不要です。

横浜市「医療費控除に関するよくある質問」より。

家族の医療費は、払った人の申告に入れる

医療費控除は、家族の分も合わせられます。控除を受けるのは実際に払った人です。住民税の申告でも同じです。

たとえば、年金だけの親の医療費を、所得税のかかっている子が払っている場合。子が自分の確定申告に入れれば、所得税と住民税の両方が下がります。ただし、親と生計を一にしていることが条件です。誰の申告に入れるかの考え方は、領収書の箱を開けた夜に書いています。

住民税の申告の手順

出すもの

住民税の申告でそろえるもの

  • 市民税・県民税申告書（市区町村の窓口やホームページで手に入る。横浜市は、前年に申告した人などへ郵送もしている）
  • 医療費控除の明細書。健康保険の「医療費のお知らせ」を使う場合はそれも
  • 公的年金等の源泉徴収票か給与所得の源泉徴収票（申告書に収入を書くため）
  • マイナンバーが分かるものと本人確認書類。郵送なら写し（横浜市）

横浜市は、申告に必要なものの一覧でこう書いています。

※医療費控除を申告する場合は「医療費控除の明細書」の添付が必要です。領収書では受け付けることができないため、ご注意ください。

明細書の様式は年分ごとに違います。横浜市は、申告する年分の様式を選んでダウンロードするよう案内しています。医療費のお知らせに載っていない11月・12月の医療費は、領収書から明細書の「2 医療費（上記1以外）の明細」に書きます（横浜市）。

領収書は5年とっておく

領収書は出しません。ただし横浜市は、明細書の内容を確かめるために領収書の提示や提出を求める場合があるとしています。法定納期限の翌日から5年間は、自宅で保管するよう案内しています。

出し方は、窓口・郵送・電子

横浜市の例では、出し方が3つあります。

  • 窓口：1月1日に住所があった区の区役所税務課
  • 郵送：混雑を避けるため、横浜市は郵送を勧めている
  • 電子申告：令和8年度分の申告から、スマートフォンなどからマイナンバーカードを使って「eLTAX（エルタックス）」で出せる

電子申告ができるか、窓口がどこかは市区町村で違います。お住まいの市区町村のホームページで「住民税 申告」と調べてください。

期限は3月15日。過ぎてもすぐあきらめない

地方税法の期限は3月15日です。横浜市は、3月15日が土曜日か日曜日なら翌開庁日を期限としています。2027年の3月15日は月曜日です。

期限までに出すと、6月ごろに通知されるその年度の住民税の額に反映されます。神戸市は、年金だけの人の医療費控除などについて、納税通知書が届いた後でも申告できるとしています。この場合は、一度決まった税額が後から下がります。

過去の年度の分をどこまで受け付けるかは、市区町村に確かめてください。地方税法は、税額を減らす賦課決定ができる期間を、法定納期限の翌日から5年としています（第17条の5第4項）。

みぞれ
みぞれ

去年の分の領収書が出てきたら、もう遅いの？

しぐれ
しぐれ

住民税は、納税通知書が届いた後でも申告を受け付ける市があります。まず、1月1日に住んでいた市区町村の税務の窓口に、どの年度の分を出せるかを聞いてください。そのとき、明細書も一緒に作っておくと話が早く進みます。

ふるさと納税のワンストップ特例は無効になる

住民税の申告をすると、その年のふるさと納税のワンストップ特例は使えなくなります。申告書に寄附金の分も書きます。総務省の扱いと書き方はワンストップ特例が使えない人・無効になるケースにまとめています。

住民税はいくら減るか

目安は「医療費控除の額×10%」

住民税の所得割の税率は、道府県民税4%と市町村民税6%を合わせて10%です（総務省「個人住民税」、地方税法第35条・第314条の3）。指定都市に住む人は、道府県民税2%・市町村民税8%で、合計は同じ10%です。

医療費控除で所得が11万円減れば、所得割はおよそ1万1千円減ります。均等割と森林環境税は、医療費控除では変わりません。

計算例（例として置いた数字）

65歳以上で単身、令和8年中の収入は公的年金等の190万円だけの人とします。年金から天引きされた社会保険料は12万円、医療費は15万円（補てんなし）です。指定都市以外に住んでいるとします。

例：年金190万円・医療費15万円の人の令和9年度の住民税（所得割）

  • 年金の所得：190万円−110万円＝80万円（国税庁No.1600の速算表。65歳以上で収入110万円超330万円未満）
  • 年金190万円は、令和8年分の源泉徴収の対象（65歳以上は205万円以上）に届かないので、所得税は引かれていない
  • 医療費控除：足切りは80万円×5%＝4万円。15万円−4万円＝11万円
医療費控除なし医療費控除あり
所得80万円80万円
社会保険料控除12万円12万円
医療費控除0円11万円
基礎控除43万円43万円
課税される所得25万円14万円
所得割（×10%）25,000円14,000円
調整控除2,500円2,500円
所得割の額22,500円11,500円
  • 減る額：22,500円−11,500円＝11,000円（医療費控除11万円×10%と一致）

調整控除は、所得税と住民税の人的控除の差を調整する税額控除です。課税される所得が200万円以下の人は、人的控除の差と課税される所得の少ない方に、合わせて5%を掛けます（地方税法第37条・第314条の6）。この例の人的控除の差は、基礎控除の差の5万円です。この例では、医療費控除の前後どちらも5万円×5%＝2,500円です。数字が丸いので、課税所得と税額の端数の切り捨ては結果に影響していません。

所得税のほうは、所得80万円から社会保険料12万円と基礎控除104万円を引くとマイナスになり、0円です。所得税は0円、住民税は22,500円。この記事が対象にしているのは、こういう人です。

もともとの所得割より多くは減らない

同じ人の医療費が40万円だったとします。医療費控除は40万円−4万円＝36万円です。課税される所得25万円より大きいので、課税される所得は0円になり、所得割も0円になります。

医療費医療費控除所得割の額減る額
15万円11万円11,500円11,000円
40万円36万円0円22,500円（36万円×10%の36,000円ではない）

減るのは、もともと払うはずだった所得割までです。 地方税法で翌年への繰越しが定められているのは純損失や雑損失の金額で、医療費控除にはその定めがありません。家族の中で誰が医療費を払うかで差が出るのは、このためです。

非課税の線と、ほかの負担への影響

医療費控除で、住民税非課税にはならない

住民税が非課税かどうかは、所得控除を引く前の所得で判定します。所得割の非課税は総所得金額等で判定します。単身なら35万円×1人＋10万円＝45万円以下です（地方税法附則第3条の3）。均等割の非課税は合計所得金額で判定し、基準額は市区町村の条例で決まります（同法第295条第3項）。

医療費控除は、この判定の後に引く控除です。上の例の人は、医療費が40万円で所得割が0円になっても、総所得金額等は80万円のままです。所得割の非課税の線（45万円）より上なので、非課税の判定は変わりません。所得割が0円になっても均等割はかかり、「住民税非課税」の人の扱いにもなりません。

非課税の線の金額と、令和9年度分からの変更は、住民税非課税世帯とはにまとめています。

国民健康保険料は、下がらない市がある

川崎市は、国民健康保険料の所得割の計算に使う「賦課基準額」について、基礎控除のほかの所得控除は差し引かないと案内しています。医療費控除もここに入ります。住民税が下がっても、国民健康保険料は下がらないということです。年金受給者の場合の話は、年金受給者の確定申告不要制度にも書いています。

所得割の額で決まる負担は、変わることがある

反対に、住民税の所得割の額そのものを基準にしている負担もあります。鹿児島市は、保育料を世帯の市町村民税の所得割課税額の合計で算定するとしています。計算から外すのは、住宅借入金等特別税額控除や寄附金税額控除などの税額控除の一部です。医療費控除のような所得控除は、外すものに挙げられていません。

所得控除を引いた後の所得割で決まるので、医療費控除で所得割が下がれば、保育料の区分が変わることがあります。鹿児島市は、毎年9月に保育料を切り替えるとしています。何を基準にしているかは制度ごと・市区町村ごとに違います。気になる負担があれば、その担当の窓口で確かめてください。

しぐれ
しぐれ

国民健康保険料が下がらないからといって、申告の意味がなくなるわけではありません。住民税の所得割は下がります。どの負担が何を基準にしているかを、一つずつ分けて見てください。

客先でこの話をするときの注意

住宅会社の営業担当の方が、施主の親の同居や援助の話を聞く場面で役に立つ知識です。

説明する前に

  • 「所得税が0円なら関係ない」で終わらせない。住民税の通知に所得割の額があるかを見てもらう
  • 確定申告をする人は、住民税の申告は不要。両方出すよう勧めない
  • 家族の医療費は払った人の控除。所得税のかかる子が払っているなら、子の確定申告に入れる選択肢がある
  • 減る額は控除額の約10%が目安。もともとの所得割が上限
  • 国民健康保険料・保育料などへの影響は、制度と市区町村で違う。断定せず、担当窓口へつなぐ

広告を含みます

申告は、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」の案内だけでもできます。手元に解説書や書類の置き場がほしい人向けです。

まとめ

  • 所得税の基礎控除（令和8年分104万円）と住民税の基礎控除（43万円）の差で、所得税は0円でも住民税はかかる人がいる
  • 給与・年金だけの人は、住民税の申告で医療費控除を受けられる（地方税法第317条の2第3項）。3月15日までに、1月1日に住んでいた市区町村へ。明細書を添付する
  • 確定申告をすれば住民税の申告は不要（同法第317条の3）。源泉徴収税額がある人は確定申告のほうが両方に効く
  • 減る額の目安は医療費控除×10%。ただしもともとの所得割まで
  • 医療費控除で非課税にはならない。国民健康保険料は下がらない市がある。所得割で決まる負担（保育料など）は変わることがある
  • 期限を過ぎても、納税通知書の後に受け付ける市がある。過去の年度の分は市区町村に確かめる

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出典

本記事は2026年10月17日時点で公表されている法令と資料に基づいています。計算例の数字は説明のための例です。住民税の申告の受付方法・様式・電子申告の可否、国民健康保険料や保育料の算定方法は市区町村によって異なります。個別の判断は、1月1日にお住まいだった市区町村の税務担当窓口にご確認ください。所得税の確定申告については、所轄の税務署にご確認ください。

よくある質問

所得税が0円でも、医療費控除を申告する意味はありますか？

住民税の所得割がかかっていれば意味があります。医療費控除は住民税の計算でも所得から差し引かれ、翌年度の所得割が控除額のおよそ10%減ります。所得割がかかっていない人は、申告しても税額は変わりません。

確定申告をしないで、住民税だけで医療費控除を受けられますか？

受けられます。給与や公的年金だけの人が医療費控除を受けたいときは、3月15日までに、1月1日に住んでいた市区町村へ住民税の申告書を出すと地方税法第317条の2第3項が定めています。医療費控除の明細書を添付します。

確定申告をした人も、住民税の申告書を出すのですか？

出しません。所得税の確定申告書を出すと、住民税の申告書を出したものとみなされます（地方税法第317条の3）。所得税が源泉徴収されている人は、確定申告をすれば所得税と住民税の両方に反映されます。

医療費控除で、住民税非課税になりますか？

なりません。非課税かどうかは、医療費控除などの所得控除を引く前の所得（総所得金額等・合計所得金額）で判定します。医療費控除で下がるのは、課税される人の所得割の額です。

住民税の申告で医療費控除をすると、国民健康保険料も下がりますか？

川崎市の案内では、国民健康保険料の所得割の計算に使う額から、医療費控除は差し引かれません。一方、保育料のように所得割の額で決まる負担は、所得割が下がると変わることがあります。扱いは制度と市区町村で違うので、それぞれの窓口で確かめてください。