二世帯住宅のお金｜登記の分け方で住宅ローン控除・税金・小規模宅地等の特例はどう変わるか

二世帯住宅のお金｜登記の分け方で住宅ローン控除・税金・小規模宅地等の特例はどう変わるかのイメージ家と住宅ローン

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先に結論

  • 二世帯住宅の登記は、単独・共有・区分所有の3つ。税金で最も差が出るのは相続のときです
  • 区分登記をすると、別の区分に住む子は同居の親族にならず、親と生計が別なら小規模宅地等の特例（80%減）を使えません。 親と生計を一にしていた子は自分の部分の敷地が対象になりえます。配偶者が取得する場合も別です
  • 不動産取得税と固定資産税の2戸分の軽減は、玄関・台所・便所などの独立性で判定されます。市の案内は登記を要件に挙げていません
  • 耐火・準耐火でない木造を区分登記すると、登録免許税の住宅用の軽減が使えません
  • 住宅ローン控除は、借入れをした人が自分の持分の範囲で受けます。床面積は、共有なら建物全体、区分なら自分の区分で判定します
  • 親のお金と持分がずれると贈与税の問題が出ます。登記の前に、誰がいくら出すかを決めます
  • 相続税がかからない家庭なら、区分登記の不利は小さくなります。個別の判断は税理士へ
土地6,000万円・建物500万円・預金2,000万円、子2人の例の相続税。区分登記なしで特例を使えると0円、区分登記ありで使えないと545万円

親が「土地は出すから一緒に住もう」と言い、子が「ローンはこちらで」と答える。二世帯住宅の話は、こうして動き始めます。 間取りが固まるころ、住宅会社や司法書士から「登記はどうしますか」と聞かれます。玄関を分けるなら区分登記がきれいに見えます。ところが、この選択で将来の相続税が数百万円変わることがあります。

この記事では、登記の3つの形で何が変わるかを、法令と国税庁・自治体の資料で確かめます。親の土地を使う場合の地代や贈与の話は親の土地に家を建てるときのお金と税金に書いています。

登記の形は3つ。間取りの形とは別の話

間取りの「完全同居・一部共用・完全分離」と、登記の形は別のものです。先に登記の3つをそろえます。

登記の形建物の持ち主向いている間取り
単独親か子の1人の名義どの間取りでも
共有親子で1棟を持分で持つ（例：子7・親3）どの間取りでも
区分所有親の区分と子の区分を、別々の建物のように登記構造上区分され、独立して住める部分があること

区分所有ができるのは、一棟の建物に構造上区分された数個の部分があり、独立して住居などに使える場合です（建物の区分所有等に関する法律第1条）。中でつながった家は、区分登記の対象になりません。

税金ごとに見るものが違うので、一覧にします。

税金・制度主に何で決まるか区分登記の影響
住宅ローン控除借入れと持分床面積の判定が区分ごとになる
不動産取得税・固定資産税の2戸分の軽減建物の独立性市の案内に登記の要件なし
登録免許税の住宅用の軽減建物の耐火性（区分の場合）木造などは外れる
小規模宅地等の特例登記の有無大きい

住宅ローン控除：借りた人が、自分の分を受ける

住宅ローン控除は、自分の住宅借入金等について受ける制度です。二世帯だから特別な枠があるわけではありません。親子で借りる場合の考え方は、夫婦のペアローンと同じです（ペアローン・収入合算・単独どっち？）。借入限度額は住宅ローン控除の借入限度額と控除期間を見てください。

単独共有区分所有
控除を受ける人名義人（借入れがある場合）借入れがある各自。自分の持分の範囲で各自が自分の区分について
床面積50㎡以上の判定建物全体建物全体（持分を掛けない）区分所有する部分
親が借りない場合親に控除なし親に控除なし親に控除なし

（国税庁 No.1211-1、質疑応答事例「床面積の判定」。50㎡の要件には、一定の場合に40㎡以上で足りる特例がある）

控除の要件には、床面積の2分の1以上を専ら自己の居住の用に供していることがあります（国税庁 No.1211-1）。

親世帯の部分が広い家は、先に確かめる

子の単独名義や共有で、親世帯の専用部分が半分を超えるような家では、この要件をどう当てはめるかを確かめる必要があります。当サイトでは、同居の親の専用部分の扱いを国税庁の資料で確かめきれていません。間取りが固まる前に、所轄の税務署に確かめてください。

区分所有の床面積は、階段や廊下などの共用部分を除いた専有部分で、壁の内側の線で判定します（質疑応答事例「床面積の判定」）。広告や図面の面積より小さくなる点にも注意します。

持分は、出したお金に合わせる

共有にするとき、持分はそれぞれが出すお金（頭金＋自分が負担する借入れ）の割合に合わせるのが基本です。親が1,000万円を出したのに持分がなければ、子が親からお金をもらったのと同じ形になり、贈与税の問題が出ます。持分と負担がずれたときの考え方は、ペアローンの記事の「持分と負担割合がずれると、贈与になりうる」に書いています。

親が出すお金を贈与にする場合は、親からの住宅資金は1,000万円まで非課税の話になります。この特例の期限は2026年12月31日です。

親が高齢でも、フラット35の親子リレー返済なら、後継者の年齢を基に借入期間を選べます。後継者は、申込み本人の子や孫などか、その配偶者で、定期的収入があり、申込時に70歳未満で、連帯債務者になる人です（フラット35「ご利用条件」）。

不動産取得税・固定資産税：2戸と認められると軽くなる

ここは、登記より建物の作り方で決まります。

自治体の案内を読むと、2戸として扱う条件はおおむね共通です。

確かめられる点内容
構造上の独立間仕切壁や取り外しのできない建具、階層などで遮断されている（神戸市）
利用上の独立世帯ごとに出入口、居間、炊事場、便所がある（神戸市）
別の例世帯ごとに玄関・台所・便所があり、世帯間の通路は扉などで仕切る。風呂の有無は問わない（日立市）

細かな基準は自治体ごとに違います。神戸市と日立市の案内は、区分登記を要件に挙げていません。設計の前に、不動産取得税は都道府県、固定資産税は市区町村の担当課に図面で確かめてください。

2戸と認められたときの効果は次のとおりです（2026年4月1日以後の新築。日立市、神奈川県、当サイトの新築の固定資産税・不動産取得税の記事）。

税金1戸の扱い2戸の扱い
不動産取得税の控除1,200万円1,200万円×2＝2,400万円
固定資産税（家屋）の2分の1120㎡まで120㎡×2＝240㎡まで
固定資産税（土地）の6分の1200㎡まで200㎡×2＝400㎡まで

床面積の要件は1世帯ごとに見ます。40㎡以上240㎡以下から外れた世帯は、不動産取得税と家屋の固定資産税の軽減を受けられません。日立市は、親世帯30㎡の例で親世帯は受けられないとしています。土地の軽減は床面積に関係なく世帯数分です。

計算例：2戸と認められると、どれだけ違うか

建物の評価額2,400万円（1区画1,200万円×2）、延べ240㎡、土地300㎡で評価額3,000万円の家を考えます（当サイトの試算。税率は不動産取得税3%、固定資産税1.4%。負担調整や都市計画税は入れない）。

1戸の扱い2戸の扱い差
不動産取得税（家屋）36万円0円36万円（1回）
固定資産税の家屋の減額年8.4万円年16.8万円年8.4万円（新築から3年度分）
固定資産税（土地）年93,333円年70,000円年23,333円

登録免許税：木造の区分登記は、軽減が外れる

見落とされやすいのがここです。新築の所有権保存登記の税率は0.4%で、住宅用家屋なら0.15%に軽減されます（租税特別措置法第72条の2。2027年3月31日までの新築・取得）。

対象の家屋は政令で決まっていて、区分所有の場合は、次のどちらかに当たる必要があります（同法施行令第41条第2号）。

  • 耐火建築物か準耐火建築物
  • 1,000㎡以上の一団の土地に集団的に新築された、地上3階以下で、準耐火に準ずる性能の家屋

住宅地の1棟の木造二世帯住宅で、耐火でも準耐火でもなければ、区分登記をすると軽減の対象になりません。 単独や共有の1棟なら、この耐火の条件はありません（同第1号）。

課税価格2,000万円なら、保存登記の登録免許税は0.15%で3万円、0.4%で8万円。差は5万円です（当サイトの試算）。

金額は小さめですが、区分登記は表題登記も保存登記も区分ごとに要るので、司法書士・土地家屋調査士の報酬も増えます。見積もりで確かめてください。登記費用全体は新築の登記費用はいくら？に書いています。

小規模宅地等の特例：区分登記の有無で、いちばん差が出る

親が亡くなったとき、親が住んでいた家の土地は、配偶者や同居の親族が取得すると330㎡まで評価額が80%減ります（国税庁 No.4124）。特例全体の要件は相続税の基礎控除の記事に書いています。

二世帯住宅で問題になるのは、子が「同居の親族」に当たるかです。

国税庁の説明は次のとおりです（No.4124の注から整理）。

建物同居の親族として扱う範囲対象の敷地
区分登記あり親が住んでいた部分に住んでいた親族だけ親の部分の敷地
区分登記なし親か親族が住んでいた部分に住んでいた親族親族の部分を含めた敷地

ここでいう建物の区別について、国税庁は次の説明を置いています。

※ 「建物の区分所有等に関する法律第1条の規定に該当する建物」とは、区分所有建物である旨の登記がされている建物をいいます。

（国税庁 タックスアンサーNo.4124）

つまり、玄関が別の完全分離型でも、区分登記がなければ一棟全体が対象です。 判断は間取りではなく登記で分かれます（租税特別措置法施行令第40条の2第4項・第13項）。

区分登記があると、子は親の部分に住んでいないので同居の親族に当たりません。子は自分の区分に住む持ち家の人なので、「家なき子」の要件も満たしません。親に配偶者がいて、その配偶者が取得する場合は、親の部分の敷地に特例が使えます。親と生計を一にしていた子の場合は、下の条件の箱を見てください。

計算例：同じ家族で、相続税が545万円変わる

親（母）が亡くなり、相続人は同じ建物の子世帯に住んでいた長男と、別の持ち家に住む次男の2人とします（当サイトの試算。令和8年10月時点の税率）。

  • 土地：親の単独所有、200㎡、相続税評価額6,000万円。長男が取得し、申告期限まで住み続けて持ち続ける
  • 長男は親と生計が別で、親子の間で地代も家賃もやり取りしていない
  • 建物：親の持分の評価額500万円
  • 預金：2,000万円
  • 基礎控除：3,000万円＋600万円×2人＝4,200万円
区分登記なし区分登記あり
特例土地全体が330㎡以内で80%減使えない
土地の評価1,200万円6,000万円
遺産の合計3,700万円8,500万円
基礎控除を引いた額0円4,300万円
相続税の総額0円（申告は要る）545万円

区分登記ありの相続税は、4,300万円を2人で分けた2,150万円に15%を掛け50万円を引いた272.5万円の2人分です（国税庁 No.4155）。

この特例には条件が残る

  • 長男が親と生計を一にしていた場合は別です。 区分登記があっても、長男の部分の敷地は「生計を一にしていた親族の居住の用」として対象になりえます（国税庁 No.4124 の区分②）。親の部分の敷地は、配偶者が取得する場合を除いて外れます。545万円は生計が別の前提の数字です
  • 親子で地代や家賃をやり取りしていると、貸付けの扱いが問題になります。税理士に確かめてください
  • 特例が使えるのは、要件に当たる人が取得した持分の部分だけです。同居の長男と別居の次男が共有で取得すると、次男の持分には使えません（国税庁 No.4124）
  • 同居の親族は、申告期限まで住み続けて土地を持ち続けるのが要件です
  • 特例で0円になっても、申告は要ります
  • 分割が決まっていないと特例は原則使えません。この例の土地は遺産の大半なので、次男との分け方が先の問題になります

判定は相続開始の直前の状態で行います。すでに区分登記がある家をどうするかは、土地家屋調査士と税理士に一緒に相談してください。

親が要介護認定などを受けて老人ホームに入った場合は、入る直前まで住んでいた家の土地を対象にできます。入ったあとに事業に使ったり、親や生計を一にする親族以外の人が住むようになったりした部分は外れます（国税庁 No.4124、同施行令第40条の2）。

3つの形を、一覧で比べる

単独共有区分所有
住宅ローン控除名義人のみ借入れのある各自区分ごとに各自
不動産取得税・固定資産税の2戸分建物が独立していれば建物が独立していれば建物が独立していれば
登録免許税の0.15%対象になりうる対象になりうる耐火・準耐火など
小規模宅地等の特例の範囲一棟全体一棟全体親の部分だけ（生計が同じ子は自分の部分も）
親の持分の相続親名義なら遺産の分け方の問題持分が相続の対象親の区分が相続の対象

相続税がかかりそうな家庭で税金だけを見れば、建物は独立させ、登記は区分しない形が、2戸の軽減と80%減を両立しやすくなります。

ただ、登記は税金だけで決めるものではありません。融資の組み方、親の持分を誰が継ぐか、将来どちらかの世帯が出たときに貸したり売ったりするかで、向く形が変わります。親の相続財産が基礎控除の内側に収まるなら、特例の差は小さくなります。

しぐれ
しぐれ

まず親の財産の大きさを、相続税の早見表で見ておくと、区分登記の話がどれだけ重いかが分かります。

親の持分は、きょうだいの問題になる

親が共有持分を持ったまま亡くなると、その持分は遺産です。きょうだいが相続すると、同じ家の持ち主に、別の家に住むきょうだいが入ります。親の区分所有でも同じで、自分たちの家の半分が、きょうだいの財産になる場合があります。

土地が親名義なら、なおさらです。住み続ける子が土地と持分を取得するなら、ほかのきょうだいへの分け方を考えます。遺言の使い方は自筆証書遺言の法務局保管、親の土地特有の話は親の土地に家を建てるときのお金と税金に書いています。

登記を決める前に家族で確かめること

チェックは、このブラウザの中だけに残ります（送ったり保存したりはしません）。

住宅会社の営業担当の方へ｜二世帯の打ち合わせで確かめること

区分登記は、お客様から「分けておいたほうが後々楽では」と出やすい話です。次の点を先に伝えておくと、後戻りが減ります。

間取りの段階で

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登記を決める前に

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つなぐ先は、税額が税理士か税務署、登記が司法書士と土地家屋調査士です。

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家づくりのお金の本を読むときは、出版年を確かめてください。住宅ローン控除や補助金の数字は毎年変わるので、この記事と公的機関の最新の案内で確かめます。

まとめ

  • 登記の形は単独・共有・区分所有。間取りの独立性とは別に決める
  • 住宅ローン控除は借りた人が自分の分を受ける。床面積は共有なら全体、区分なら自分の区分で判定
  • 不動産取得税・固定資産税の2戸分の軽減は、建物の独立性で決まり、市の案内は区分登記を要件に挙げていない
  • 区分登記は、耐火・準耐火でないと登録免許税の住宅用の軽減が使えない
  • 区分登記があると、同居の親族は親の部分に住んでいた人に絞られる。親と生計が別の子の計算例では相続税が0円と545万円に分かれた
  • 持分はお金の出し方に合わせ、親の持分と土地を誰が継ぐかまで決めておく

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出典

本記事は2026年10月31日時点で公表されている法令と資料に基づいています。計算例は当サイトの試算で、実際の税額は評価額・家族の事情・自治体の判定で変わります。個別の判断は、税務署・都道府県税事務所・市区町村・税理士・司法書士・土地家屋調査士にご確認ください。

よくある質問

二世帯住宅は区分登記したほうが得ですか？

税金だけで見ると、区分登記には不利な点があります。区分登記をすると、親の部分に住んでいない子は小規模宅地等の特例の同居親族に当たらず（親と生計を一にしていた子は、自分の部分の敷地が別に対象になりえます）、木造など耐火・準耐火でない家は登録免許税の軽減も受けられません。不動産取得税や固定資産税の2戸分の軽減は、登記よりも建物の独立性で判定されます。

玄関が別の完全分離型でも、小規模宅地等の特例は使えますか？

区分所有建物である旨の登記がなければ、亡くなった親の部分だけでなく一棟全体の敷地が対象になり、子も同居の親族として扱われます。区分登記があると、同居の親族として扱われるのは親が住んでいた部分に住む親族だけです。親と生計を一にしていた子は、自分の部分の敷地について別の区分で対象になりえます。

親子それぞれが住宅ローン控除を受けられますか？

それぞれが自分の住宅借入金等を持ち、自分の持分や区分について要件を満たせば、それぞれ受けられます。親がローンを組まなければ、親に控除はありません。

二世帯住宅なら不動産取得税の控除は2倍になりますか？

区画ごとに構造上の独立性と利用上の独立性があれば、それぞれを1戸として控除します。玄関や台所が1つの家は、1戸の扱いです。